《宝可梦：朱/紫》的一项突出创新是引入了悖谬宝可梦。虽然前几代作品已推出地区形态，但悖谬宝可梦更进一步，呈现出现有宝可梦的未来化与史前化 redesign。以下是对这些特殊宝可梦的全面介绍。
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《宝可梦：朱/紫》中的所有悖谬宝可梦
全部古代悖谬宝可梦
全部未来悖谬宝可梦
《宝可梦：朱/紫》中的所有悖谬宝可梦
在这第九世代作品中，悖谬宝可梦可在通关后探索第零区时获得。《宝可梦 朱》收录部分宝可梦的原始版本，而《宝可梦 紫》则提供机械化的未来变体。古代悖谬宝可梦均拥有「古代活性」特性，在日照下最强属性会提升30%；未来悖谬宝可梦则使用「夸克充能」在电气场地上获得类似属性提升。
这些特殊形态已成为对战体系的核心要素，同时吸引了新老训练家的关注。下方列出全部悖谬宝可梦的完整图鉴，包括其属性分类与原型宝可梦。
全部古代悖谬宝可梦
| 宝可梦 | 属性（主/次） | 原型宝可梦 |
|---|---|---|
| 雄伟牙 | 地面 / 格斗 | 顿甲 |
| 吼叫尾 | 妖精 / 超能力 | 胖丁 |
| 猛恶菇 | 草 / 恶 | 败露球菇 |
| 振翼发 | 幽灵 / 妖精 | 梦妖 |
| 爬地翅 | 虫 / 格斗 | 火神蛾 |
| 沙铁皮 | 电 / 地面 | 三合一磁怪 |
| 轰鸣月 | 龙 / 恶 | 超级暴飞龙 |
| 故勒顿 | 格斗 / 龙 | 摩托蜥 |
| 波荡水 | 水 / 龙 | 水君 |
| 猛雷鼓 | 电 / 龙 | 雷公 |
| 破空焰 | 火 / 龙 | 炎帝 |
全部未来悖谬宝可梦
| 宝可梦 | 属性（主/次） | 原型宝可梦 |
|---|---|---|
| 铁辙迹 | 地面 / 钢 | 顿甲 |
| 铁包袱 | 冰 / 水 | 信使鸟 |
| 铁臂膀 | 格斗 / 电 | 铁掌力士 |
| 铁脖颈 | 恶 / 飞行 | 三首恶龙 |
| 铁毒蛾 | 火 / 毒 | 火神蛾 |
| 铁荆棘 | 岩石 / 电 | 班基拉斯 |
| 铁武者 | 妖精 / 格斗 | 沙奈朵 & 艾路雷朵 |
| 密勒顿 | 电 / 龙 | 摩托蜥 |
| 铁哔哔 | 草 / 超能力 | 毕力吉翁 |
| 铁磐石 | 岩石 / 超能力 | 代拉基翁 |
| 铁头壳 | 钢 / 超能力 | 勾帕路翁 |
以上即为《宝可梦：朱/紫》中所有可获得的悖谬宝可梦！
