《寶可夢 朱 & 紫》最突出的創新之一就是引入了「悖謬寶可夢」。雖然前幾代已有地區形態，但悖謬寶可夢更進一步，呈現出現有寶可夢的未來化與遠古化重新設計。以下將完整介紹這些特殊寶可夢。
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《寶可夢 朱 & 紫》中的所有悖謬寶可夢
所有古代悖謬寶可夢
所有未來悖謬寶可夢
《寶可夢 朱 & 紫》中的所有悖謬寶可夢
在第九世代的這兩款作品中，悖謬寶可夢可在通關後於第零區探索時獲得。《寶可夢 朱》版本包含某些物種的原始版本，而《寶可夢 紫》則提供機械化的未來變體。古代悖謬寶可夢皆擁有「古代活性」特性，在晴朗天氣下最高能力值提升30%；而未來悖謬寶可夢則使用「夸克充能」特性，在電氣場地中獲得類似的能力提升。
這些特殊形態已成為對戰中的常客，無論是新玩家還是資深訓練家都為之著迷。下方將列出完整的悖謬寶可夢清單，包含其屬性分類與原型寶可夢。
所有古代悖謬寶可夢
| 寶可夢 | 屬性（主要/次要） | 原型寶可夢 |
|---|---|---|
| 雄偉牙 | 地面 / 格鬥 | 頓甲 |
| 吼叫尾 | 妖精 / 超能力 | 胖丁 |
| 猛惡菇 | 草 / 惡 | 敗露球菇 |
| 振翼髮 | 幽靈 / 妖精 | 夢妖 |
| 爬地翅 | 蟲 / 格鬥 | 火神蛾 |
| 沙鐵皮 | 電 / 地面 | 三合一磁怪 |
| 轟鳴月 | 龍 / 惡 | Mega暴飛龍 |
| 故勒頓 | 格鬥 / 龍 | 摩托蜥 |
| 波盪水 | 水 / 龍 | 水君 |
| 猛雷鼓 | 電 / 龍 | 雷公 |
| 鐵斑葉 | 草 / 超能力 | 畢力吉翁 |
所有未來悖謬寶可夢
| 寶可夢 | 屬性（主要/次要） | 原型寶可夢 |
|---|---|---|
| 鐵轍跡 | 地面 / 鋼 | 頓甲 |
| 鐵包袱 | 冰 / 水 | 信使鳥 |
| 鐵臂膀 | 格鬥 / 電 | 鐵掌力士 |
| 鐵脖頸 | 惡 / 飛行 | 三首惡龍 |
| 鐵毒蛾 | 火 / 毒 | 火神蛾 |
| 鐵磐岩 | 岩石 / 電 | 班基拉斯 |
| 鐵武者 | 妖精 / 格鬥 | 沙奈朵 & 艾路雷朵 |
| 密勒頓 | 電 / 龍 | 摩托蜥 |
| 鐵斑葉 | 草 / 超能力 | 畢力吉翁 |
| 鐵磐岩 | 岩石 / 超能力 | 代拉基翁 |
| 鐵頭殼 | 鋼 / 超能力 | 勾帕路翁 |
以上就是《寶可夢 朱 & 紫》中所有可獲得的悖謬寶可夢！
