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许多游戏拥有数量惊人的不同结局。《地铁逃生2：切尔诺贝利之心》虽然结局数量不多，但在游戏结束字幕出现前，共有4种不同的结局。
玩家在《地铁逃生2：切尔诺贝利之心》中将面临许多重要选择。游戏结局会因玩家在3个特定任务中做出的特定选择而大相径庭。以下列出每个结局以及玩家在关键任务中需要做出的关键对话选择。
影响《地铁逃生2》结局的选择
在3个关键任务中，玩家将做出影响最终结局的选择。这些任务包括“微妙的事务”、“危险的联络”和“最后的愿望”。幸运的是，这些任务都在游戏后期，这意味着玩家可以推进到“区域传奇”，然后进行手动存档。这样，他们就可以体验所有可能的结局，而无需重玩整个游戏。
她永远不会自由
- 微妙的事务：生命在于当下
- 危险的联络：[逃跑]
- 最后的愿望：[开火]
斯特洛克希望保护区域，因此做出旨在实现这一目标的选择将使玩家与斯特洛克站在一起，并让他们控制区域。玩家只需要与所有其他派系为敌才能走上这条道路。这包括拒绝疤痕，逃离科尔舒诺夫，并射杀凯曼诺夫。斯特洛克是过去游戏中出现过的另一个角色，非常值得了解他们的背景故事。
Y计划
- 微妙的事务：生命在于当下
- 危险的联络：[逃跑]
- 最后的愿望：[放下枪]
对于下一个结局，玩家需要重复与上一个结局相同的选择。但是，他们不会射杀凯曼诺夫，而是放下枪并与他站在一起。他是一位科学家，希望看到如果区域被放任自流会变成什么样，并且它有权不受任何人的控制。
永无止境
- 微妙的事务：永恒的春天
- 危险的联络：[逃跑]
- 最后的愿望：
《地铁逃生2》中另一个可怕的派系是火花。该派系由该系列过去游戏之一《地铁逃生：晴朗天空》的主角疤痕领导。帮助疤痕将导致他进入一个他认为会将他带到闪耀区域的舱室。虽然一些任务要求你在所有这三个重要任务中做出选择，但火花结局只需要玩家在其中两个任务中做出选择。
美丽新世界
- 微妙的事务：生命在于当下
- 危险的联络：我不是你的敌人
- 最后的愿望：N/A
《地铁逃生2：切尔诺贝利之心》中有很多派系，其中之一是守卫。做出这些选择将使玩家与克鲁什诺夫上校站在一起，开展一场彻底摧毁区域的行动。与火花结局一样，在做出选择时，只有两个任务很重要。
