Der Hauptentwickler von Assassins Creed Shadows versichert den Spielern, dass die Auswahl eines einzelnen Protagonisten ihre Erfahrungen nicht wesentlich beeinflussen wird. Das Spiel enthält zwei spielbare Charaktere: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai, eine Wahl, die eine Diskussion vor der Veröffentlichung generiert hat.
Es ergaben Bedenken, dass die Fokussierung auf einen Charakter zu fehlenden wichtigen Handlungspunkten oder einem Gameplay führen könnte. Der Kreativdirektor Jonathan Dumont sprach diese Bedenken an und beschrieb seinen eigenen ausgewogenen Ansatz: "Normalerweise wechsle ich zwischen Charakteren, vielleicht 3-5 Stunden mit einem, dann 2-3 mit dem anderen."
Dumont stellte jedoch klar, dass die Spieler nicht dafür bestraft werden, einen Charakter zu bevorzugen. Während jeder Protagonist einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsstränge aufweist, passt sich die Erzählung des Spiels an die Wahl des Spielers an. Er ermutigt die Spieler, als ihren bevorzugten Charakter zu spielen: "Sie werden nicht viel vermissen. Es hängt von Ihrem Spielstil ab. Jeder hat einzigartige Einführungen und Quests, aber die Kernerfahrung ist anpassungsfähig. Wählen Sie Ihren Favoriten; die Geschichte wird sich anpassen."
