Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, un choix qui a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à manquer des points de tracé cruciaux ou un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: "Je bascule généralement entre les personnages, peut-être 3-5 heures avec l'un, puis 2-3 avec l'autre."
Cependant, Dumont a précisé que les joueurs ne seront pas pénalisés pour avoir favorisé un personnage. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit du jeu s'adapte au choix du joueur. Il encourage les joueurs à jouer comme leur personnage préféré: "Vous ne manquerez pas beaucoup. Cela dépend de votre style de jeu. Chacun a des introductions et des quêtes uniques, mais l'expérience de base est adaptable. Choisissez votre favori; l'histoire s'ajustera."
